Per ottimizzare Gentoo, si possono impostare alcune variabili che hanno effetto sul comportamento di Portage. Tutte queste variabili possono essere impostate come variabili di ambiente (usando export), ma non in modo permanente. Per mantenere le impostazioni, Portage fornisce il file di configurazione /etc/make.conf. E' il file da modificare adesso.
/mnt/gentoo/etc/make.conf.example. Ma per una installazione di Gentoo è soltanto necessario impostare le variabili che sono menzionate sotto.
Si prenda il proprio editor preferito (in questa guida si usa nano) per poter cambiare le variabili di ottimizzazione che di cui si sta trattando.
Come è evidente, il file make.conf.example è strutturato in modo molto semplice: le righe commentate iniziano con "#", le altre righe definiscono le variabili, usando la sintassi VARIABILE="valore". Molte di queste variabili vengono trattate in seguito.
Non fare nessuna modifica alla variabile USE se si sta facendo una installazione con stage3 con GRP. Si può cambiare la variabile USE dopo aver installato il pacchetto che si desidera.