Dopo aver configurato e compilato il kernel e inserito i necessari file di configurazione, è venuto il momento di installare il programma che esegue il kernel nel momento in cui si avvia il sistema. Tale programma è chiamato bootloader. Per la piattaforma x86, Gentoo Linux fornisce GRUB e LILO. ma prima di installare uno di questi due bootloader si spiega come configurare il framebuffer (nel caso lo si desideri ovviamente). Con il framebuffer è possibile eseguire la linea di comando Linux con alcune caratteristiche grafiche (come lo sfondo che viene fornito da Gentoo).