L'ubicazione predefinita per l'albero del Portage è /usr/portage. Questo è definito dalla variabile PORTDIR. Se si vuole mettere l'albero del Portage da qualche altra parte (alterando questa variabile), non ci si deve dimenticare di modificare il link simbolico /etc/make.profile in accordo con la nuova ubicazione.

Se si altera la variabile PORTDIR, si possono voler modificare anche le seguenti variabili in quanto non noteranno il cambio di PORTDIR (a causa del modo di gestire le variabili del Portage): PKGDIR, DISTDIR, RPMDIR.