L'albero del Portage viene di solito aggiornato con rsync, una utility per il trasferimento incrementale di file. L'aggiornameto è realmente semplice dato che il comando emerge fornisce un'interfaccia per rsync:
Se non si riesce ad usare rsync a causa di un firewall si può aggiornare l'albero del Portage usando lo snapshot che viene generato giornalmente. Il tool emerge-webrsync scarica ed installa automaticamente l'ultimo snapshot dai sistemi Gentoo.