Alcuni pacchetti presenti nell'albero del Portage non hanno un contenuto reale ma sono usati per installare una collezione di pacchetti. Per esempio, il pacchetto kde installa un ambiente KDE sul sistema ricercando tra i vari pacchetti legati al KDE come dipendenze.

La rimozione di un tale pacchetto dal sistema usando emerge --unmerge, non avrà successo dato che le numerose dipendenze rimarranno sul sistema.

Portage ha anche la funzionalità di rimozione delle dipendenze orfane, ma dato che la disponibilità del software è dinamicamente dipendente, occorre prima aggiornare completamente l'intero sistema, includendo, se ci sono state, le modifiche alle flag USE. Quindi sarà possibile eseguire emerge --depclean per rimuovere le dipendenze orfane. Fatto ciò, ci sarà bisogno di ricompilare le applicazioni che erano dinamicamente linkate al software rimosso ma non più richiesto.

Tutto ciò può essere fatto con un seguenti tre comandi:

 

# emerge --update --deep --newuse world
# emerge --depclean
# revdep-rebuild

revdep-rebuild viene provveduto col pacchetto gentoolkit, che deve essere quindi emerso prima:

 

# emerge gentoolkit