Se si sono cambiate le proprie flag USE e si desidera aggiornare l'intero sistema, affinchè utilizzi le nuove flag USE, si può usare l'opzione --newuse di emerge:
Dopo, eseguire il depclean del Portage per rimuovere le dipendenze condizionali che erano state emerse nel vecchio sistema, ma che sono diventate obsolete con l'uso delle nuove flag USE.
Eseguire emerge depclean è una operazione pericolosa e dovrebbe essere fatta con cura. Si ricontrolli la lista fornita di pacchetti "obsoleti" per assicurarsi che non si rimuovano pacchetti di cui si ha bisogno. Nell'esempio seguente si è aggiunto -p per avere solo la lista dei pacchetti senza rimuoverli.
Quando il depclean ha finito, eseguire revdep-rebuild per ricompilare le applicazioni che sono collegate agli oggetti forniti dai pacchetti rimossi. revdep-rebuild è parte del pacchetto gentoolkit; non dimenticarsi di emergerlo prima.
Quando tutto è finito, il sistema userà le nuove flag USE.